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1919年，蔡元培在北大进行了学科体制上的第二个重大改革——“废门改系”。设立学系的思想动因，基于蔡元培对近代科学发展的理解和认识。他从科学演变的历史及其发展趋势，看到了学科之间相互渗透和相互影响的特点，认为“文理是不能分科的”，例如文科的哲学，必植基于自然科学，而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前的理学属于哲学，而现在用实验法，应列入理科。地理学的人文方面，应属文科，而地质、地文方面则属于理科。历史学自有史以来，属于文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。教育学和美学，也渐用实验法，有同一趋势。他指出，许多专门学者，不明了科学发展的趋势，不明白各学科之间的相互关系，以至存在“专己守残之陋见”。如“治文学者，恒蔑视科学，而不知近世文学，全以科学为基础；治一国文学者，恒不肯兼涉他国，不知文学之进步亦有资于比较。治自然科学者，局守一门而不肯稍涉哲学，而不知哲学即科学之归属，其中如自然哲学一部，尤为科学家所需要；治哲学者，以能读古书为足用，不耐烦于科学之实验，而不知哲学之基础不外科学，即是超然之玄学，亦不能与科学全无关系”（见《北京大学月刊发刊词》）。他进一步认为这种认识的局限，造成了大学文理科学生培养上的流弊，“文科之史学、文学，均与科学有关，而哲学则全以自然科学为基础，乃文科学生，因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空疏。理科各学，均与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学之归宿，乃理科学生，以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观。”他主张要融通文理两科之界限，主张学生文理兼习。学文科者，不可不兼习理科之某种。如学史学的，兼学地质学；学哲学的，须兼习生物学等。而学理科的，不可不兼习文科的某些门，如哲学史、文明史之类。书包 网 。 想看书来
6。蔡元培的大学之“学”（2）
从沟通各科的目的出发，1919年北大决定取消科别，改门为系。全校当时共设数学、物理、化学、地质学、哲学、中国文学、法国文学、德国文学、俄国文学、史学、经济、法律等14个系。学长制同时废除，改设系主任。这样，原属文、理、法三科的各学系分别称为第一、第二、第三院。第一院在沙滩汉花园，第二院在马神庙公主府，第三院在北河沿。第一、第二、第三院只是各学系所在地区的标志，已不是一级机构。
蔡元培在北大进行学制方面的第三个重大改革是改年级制为选科制。
改制之前，北大实行的是日本的年级制，一学年要学习若干课程，都是必修课。这种年级制之流弊，使锐进者无可见长；而留级者每因几门课程之不及格，须全部复习，兴味毫无，遂有在教室中瞌睡，偷阅他书及时时旷课之弊，而其弊又传染于同学。而且年级制太束缚学生的思想，不能让学生发展个性、自由地钻研其心向之学科，不符合学术自由、思想自由的原则。早在1917年10月，蔡元培在教育部召集的在京各高校代表会议上就提出废除年级制，采取选科制议案，并决定由北大试行。1919年暑假后，随着文理科教务处的设立、废门改系，文理科各系陆续地改年级制为选科制。
选科制仿美国办法，大学生在必修一定数量的课程之外，同时可以自由选修一定数量的其他课程，这些课程可以是本系开设的，也可以是其他相关系开设的。北大的选科制是和实施单位制（即后来的学分制）相联系的。当时北大本科生必须修完80个单位方可毕业（按每周1学时，学完一年的课程即为1个单位）。80个单位中，一半为必修课，一半为选修课。预科学生必须修满40个单位，其中四分之三为必修课，四分之一为选修课。各系选科由教授会决定，学生选课必须经过教员审定。
自从北大在近代高等教育史上开了选科制的先河之后，各大学纷纷效仿。选科制的实行，被公认为是我国大学教育上一个极大的进步。直至今天仍为我国大学的一项基本制度。
蔡元培鼓励师生集中精力进行学术研究，改变学生“奔竞及游荡的旧习”，但又反对死读书、读死书的坏传统。他认为“研究学理，必要有一种活泼的精神，不是学古人‘三年不窥园’的死法能做到的”。为鼓励和提倡学术研究，引导学生参加各种有益的社会活动，在他的倡导下，北京大学组织了各种学术和社会团体。1918年到1919年间，比较重要的学会和社团就有国文学会、史学会、地质学会、数学会、心理学会、教育研究会、新文学研究会、俄罗斯文学研究会、画法研究会、音乐会、马克思学说研究会、平民教育讲演团、新潮杂志社、国民杂志社、进德会、哲学研究会、新闻研究会、体育会、静坐会等。其中进德会、哲学研究会、新闻研究会、画法研究会等是由蔡校长亲自发起的，其他各会也多是在他的倡导和支持下得以建立起来的。这些社团，有的是为了砥砺德行、提高修养，有的是从事学术研究，有的是把学生引向正当的娱乐。各种社团活动改变了北大从前沉闷和颓废的空气，学术讨论和思想争辩蔚然成风，全校出现了生机勃勃的景象。杨晦教授在《五四运动与北京大学》一文中回忆当时的情景，感慨万千地说：“当时校内的学术活动和社会活动是很活跃的，特别是到了1918年、1919年，随着政治上的变动和外交的吃紧，随着新旧思想斗争的展开，就一天比一天开展，一天比一天活跃。平常，除了北京大学日刊每天出版外，还有宿舍的影壁上、墙上随时出现的海报、布告等。有人发出什么号召，就有人响应；说开会，就有人去。开会的地点，大些的会，在饭厅开的时候多，要说话的，站在板凳上就说起来，甚至在厕所里开辟‘厕刊’，互相辩难。北大当时还有一个特点，就是有什么活动或有什么社团组织，一般都是放一个签名簿在号房，谁愿意参加就可以自由签名。学术思想斗争跟社会活动同时在北大活跃。”这么多的社团和活动，在中国是独一无二的，许多社团及其刊物对当时社会发生过重大影响。
7。从旁听开始的开放女禁
蔡元培提倡大学应研究高深学术，但他并没有想把北大变成“阳春白雪”或“高处不胜寒”的地方，恰恰相反，在他掌校期间，北大的校门不仅没有向知识相对低陋浅薄的社会关闭，反而敞开大门，让北大的知识新风吹向社会。
首先是开放女禁。1920年春，蔡元培在北大开始招收女生入学，开了我国高等教育中男女同校的先河。蔡元培毕生提倡男女平等，主张教育普及与男女平等联系，强调“女子不学，则无以自立”。所以民国初年他任教育总长时，开始在全国推行小学男女同校，1917年创办北京孔德学校时也是男女兼收。但在当时全国来说，封建礼教在教育界影响还很深，高小以上学校男女分校，全国为女子开办的高等学校极少，只有教会办的北京协和女子大学、南京金陵女子大学和扬州华南女子大学。第一所国立的北京女子高等学校直到1919年4月才正式成立。当时男校女校之间门禁森严，男女正常交往极其困难。据许德珩回忆当时的情况说：“五四前夕，为了串连女同学一起参加五四运动，我和另外几个男同学去女子高等师范，在一间很大的屋子里，两个女同学代表接待我们，还有一个女学监。我们坐在这一头，女同学坐在那一头，中间坐着女学监。房间大，距离远，说话声音小听不清，大了又不礼貌，好多话还要请中间的女学监传达才行。”
1919年初，蔡元培在多次讲演中批评了当时高等教育的弊端，呼吁破除教育中的男女界限，给女子受教育的平等权利。蔡元培的讲演，得到许多青年的拥护。1919年5月19日，甘肃一女学生邓春兰写信给蔡元培，要求允许进北大读书。她在信中说：“阅贵校日刊，知先生在贫儿院演说（即3月15日在北京青年会作的《贫民院与贫儿教育的关系》演说），仍主张男女平等。然我辈欲要求于国立大学生女席，不于此时，更待何时？”她表示如果蔡元培允许，她愿负笈入京，“为全国女子开一先例。”但由于蔡元培这时正因五四运动出京，因而没有看到此信。同年6月，邓春兰又在京沪各报撰文并登出给蔡元培此信，征求同志，呼吁大学开放女禁。五四运动后，女子解放的问题突出起来，《少年中国》在1919年8月妇女问题专号转载了邓春兰的信，引起社会广泛关注，教育界也有强烈反响。但各大学都不敢率先向教育部提议开放女禁的事，因为这一提议必通不过。社会和舆论都在期盼着老大哥北京大学如何表态。
1920年1月1日上海《中华新报》新年号上登出了蔡元培与该报记者就开放大学女禁问题的谈话，公开表示了北大和蔡元培的立场。他说：“大学之开女禁问题，则予以为不必有所表示。因教育部所定规程，对于大学学生，本无限于男生之规定，如选举法中之选举权者，且稽诸欧美各国，无不男女并收，故予以为无开女禁与否之问题。即如北京大学明年招生时，倘有程度相合之女生，尽可招考，如程度及格，亦可录取也。”蔡元培明白表示了北大可以招收女生，实行男女同校。他利用教育部学制并没有专收男生这一条，巧妙地绕过了向教育部提议必遭拒绝的障碍，造成既成事实，迫使顽固当局不得不承认男女同校的革新事实。1920年2月，北大学生王昆仑向蔡元培要求允许她的姐姐、北京女子师范江苏籍学生王兰入北大读书。据王昆仑回忆：“那时，姐姐正因病失学在家，她很想进北大求学。我就去问蔡校长。蔡校长问我：‘她敢来吗？’我说：‘她敢。’蔡校长说：‘可以让她来试试。’”蔡元培欣然应允她入北大旁听。两天后，王兰便到校听讲，成为北大第一个女学生。随后又有奚浈、查晓园报名入校旁听。1920年2月27日出版的《北京大学学生周刊》（第9号）以“女子就学的先声”为题，报道了招收女生的消息，“男女共学已为国内学者多数的主张，本校即先行开放，以为各校倡。但因未得教育部许可，暂不招正科生，只设女生旁听席，即有王兰、奚浈、查晓园三位女士入本校旁听。现在还有许多来报名的，闻今年秋季招生起实行兼收女生云。”
之后，援例请求放学旁听的“日必数起”，到3月北大先后招了9名女生：王兰、邓春兰、韩恂华、赵懋芸、赵懋华、杨寿壁入哲学系一年级旁听；程勤若入国文系一年级旁听；奚浈、查晓园入英文系一年级旁听，成为我国国立大学最早一批实现男女同校的女大学生，其中年龄最小的19岁