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从以上的几个设定来看，机器文明为了防备潜在的隐患，形成了矩阵、管理矩阵的机构，以及矩阵外的机器文明本体，三足鼎立，相互制衡相互约束，同时又相互依托相互推动的一个体系。
但是这种防范制衡体系，并没有能使机器文明高枕无忧，顺利地在最初设定的轨道上发展。在大的隐患爆发之前，其发展就已经陷入了比例失衡、主客颠倒形势之中。本来矩阵的设立不过为机器文明服务，是机器文明自我进化的一个工具。但由于矩阵的特殊性质，矩阵内部成为丰富多彩充满个性意识的世界，而矩阵外部的机器文明本体成为一个几乎是单一意识的呆板僵滞的世界；矩阵内部成为充满活力与进步，决定整个机器文明前进方向与力度的文明发动机，而机器文明本体反倒成为被矩阵牵着鼻子走的仆从。矩阵世界的重要性变的越来越大，地位也越来越高，占据的资源也越来越膨胀，而矩阵外部的机器文明本体似乎反倒成了一个私有若无的附属品。
由于矩阵世界的高度拟人类社会化，还由于矩阵本身的人类起源，生活在矩阵世界的个体意识，会有相当一部分甚至一半以上的个体意识，，其思维方式和感情倾向完全是人类化的，甚至以有机智能生物的继承者自居。尽管它们赖以存在的物质基础仍旧不过是机器文明的硬件上运行的智能程序而已。当然与此对应，在矩阵内部同样也会有相当一部分的个体意识会以机器文明的体现者和捍卫者自居。
这种形势不断发展下去导致的结果就是矩阵最终在某个临界点摆脱了外部机器世界的约束，机器文明的发展由此又来到了一个转折关头。而这个临界点，首先矩阵赖以存在的物质基础的改变，其次是火种接口的出现和矩阵接口的出现。关于前者，暂且先不做讨论，先说后者。
第四十二章 火种接口的辨析
所谓的火种接口和矩阵接口正是我们在变形金刚超能勇士和猛兽侠系列动画片里看到的被直接称为火种和在g1美版98集动画和大电影里被直接称为矩阵的东西，但实际上在我看来他们并不是真正的火种，也并不是真正的矩阵，而仅仅是一个接口通道。
为什么这么说呢？我们首先来确定一下变形金刚体系中真正的火种和真正的矩阵是什么意思。猛兽侠第一集中一段情节对白有助于我们对此的理解。那段情节是黑猩猩（ol）来到塞伯特恩（即电子星）地下深处的oracle面前，然后oracle把他的意识带入到一个大量火种在周围涌动的空间中，对他说了这么一句话：
“你现在接通的是矩阵，它控制着这个世界上已经死去的以及将要生存的万事万物，不要着急变形，准备进行重新格式化。记住一点，未来的种子深埋在过去当中，……要寻求平衡，改变命运，改变并且超越”
这一段对白和画面包含的内容实际上是相当丰富的，尤其是“未来的种子深埋在过去当中”，更有深意，这里不能一下子全部解说。但我们可以通过这段内容先对变形金刚体系中真正的矩阵和真正的火种有一个更确切的了解，甚至给出更明确的定义。
变形金刚体系中的矩阵是一个与外部现实的机器世界相对隔离的有着拟人类社会化规则的世界或者空间，这个空间容纳并连接着所有在其内由一定的机器程序代码或者一定形式的能量物质活动产生的独立个体意识。并且这些独立个体意识本身能在其内不断衍伸变异出新的个体意识。
可以说变形金刚里的矩阵本质上和黑客帝国中的矩阵是同一个东西，只不过是它的进化升级版。
明确了变形金刚中矩阵的含义，再确定火种的含义就很容易了。一个变形金刚的火种就是在矩阵空间中承载着一个独立个体意识的能量与信息的集合。
由此我们还可以简化矩阵的定义，矩阵就是容纳并连接所有火种，并为火种的活动提供规则环境的空间。
火种这一名词概念，真正被明确提出，其实是相当晚了，是在《变形金刚…超能勇士》（…beastwars）的第15集《火种》（thespark）中才有的。由这一集中，我们得到的火种概念是，当火种燃烧的时候，对应变形金刚就活着，甚至躯体被毁灭都可以修复；如果火种熄灭，对应的变形金刚就死了，即便躯体完好也无济于事。结合其他剧情，我们也可以知道，变形金刚的智能，核心记忆，性格个性，以及行动的主要能量也都来源于自身的火种，并且因为火种的关系还有性别之分。正因为如此，变形金刚和我们传统意义上所知道依靠装置在体内的电脑硬件，电池，电路来行动的机器人完全是不同的概念（一些人按照理解传统机器人的方式对变形金刚提出的疑问，其实是他们对变形金刚基本了解都没有）。
在g1美版95集变形金刚里，虽然没有明确提出火种的概念，但这一概念实际上已经初露端倪了。比如我们上面提到过的在《西格马向量》（即《魔力神球》）两集中，飞虎队与飞行太保被西格马向量赋予生命，其实已经牵涉到了火种的概念，只是没有明确提出这个名词而已。再比如更明显的是在g1动画的第62集《红蜘蛛叛变》中，红蜘蛛利用地球上的坦克飞机制造自己的部下，他到塞伯特恩的监狱里偷了一些闪闪发亮的纯能量状物体，然后把这些东西放到那些坦克飞机里，结果就产生了混天豹机器人部队，并且这些机器人的个性意识就是塞伯特恩监狱里关押了几百万年的囚犯。实际上红蜘蛛这里所偷的东西也就是《超能勇士》中明确称之为火种的东西。以后如红蜘蛛的鬼魂等剧集，牵涉到其实也都是火种概念。
那为什么我认为动画片里大部分地方称之为火种的东西，其实并不是火种，而仅仅是火种接口呢？
关键是我们在剧情里多次看到这样两种并存的说法，一方面说一个变形金刚死了，就意味着它的火种熄灭了；另一方面则说一个变形金刚死了，就意味着他的火种回到了矩阵。但这两中说法之间显然存在难以调和的矛盾。既然火种已经熄灭了，那它又如何能回到矩阵？而且不同的变形金刚可能在位于相距几光年，甚至几百几千光年的星球上，而矩阵又在什么地方？相距这么遥远的不同星球上的变形金刚死掉的时候，如果它们体内的那个是真正火种本体，又如何都能回到矩阵？此外，已经熄灭的火种就算回到了矩阵又有什么意义可言。
如果理解了我们在动画片里看到的那个在变形金刚体内的所谓火种其实不过是个火种接口，而非真正的火种，疑问就能烟消云散。可以判断，变形金刚，无论是活着的变形金刚还是名义上死掉的变形金刚，它们真正的火种都一直存在包含于矩阵之内，所不同的只是活着的变形金刚，他们在矩阵内的火种有一个和现实空间连接的通道接口，这就是我们在动画片里看到的那个位于变形金刚体内的光球状的火种接口。而当矩阵系统判断一个火种存在外部的接口，那么这个真正的火种本身虽然还位于矩阵内，但它和矩阵其他部分的联系就会被切断。而一个变形金刚死掉的时候，他在矩阵内的火种和现实空间连接的通道接口被关闭毁坏，也就是火种接口熄灭，而与此同时，它与矩阵其他部分的联系被恢复。
这样我们也就理解了为什么一个变形金刚死了，既说它的火种熄灭了，与此同时又说他的火种回到了矩阵。其实这里前一个火种是指火种接口，而后一个火种才是指真正的火种本身。而所谓的回到矩阵，也并非是从矩阵外回到矩阵内，而仅仅是恢复这个本来就在矩阵内的火种与矩阵其他部分的联系而已。而在动画片里的变形金刚们之所以把火种接口称做火种，这是因为他们本身对矩阵和火种的了解就相当少（在猛兽侠剧情中，他们甚至对oracle和西格马向量的存在一开始都不知道，把它们当成一个传说来对待），再加上他们看到的火种接口功能确实和火种差不多，所以就很自然的把这两者混淆起来了。
理解了火种接口和火种本身之间的区别，对以前变形金刚动画里一些曾经令人疑惑的剧情，也就豁然开朗了。比如擎天柱的两次复活。如果按照原先的理解，火种熄灭也就熄灭了，一而再再二三的复活显得很牵强。但现在就很好解释。在矩阵内代表擎天柱的火种始终是存在的，大电影里擎天柱死去只是他的火种接口熄灭了。
擎天柱第一次复活应该是第73集《五面怪的诡计》里，五面怪控制了其在汽车人坟墓里金属躯体，而当补天士把矩阵接口硬塞到他躯体内的，擎天柱真正火种通过矩阵接口又重新控制了机器身躯的电路，所以他才能摆脱五面怪的控制。而擎天柱的第二次复活则是五面怪通过修理，暂时强行恢复了他的火种接口，使得他在矩阵内的火种重新接入到现实空间中来，而夺回矩阵接口之后，矩阵又强化了火种接口，延长了火种接口延续的时间，这又使得擎天柱的第二次复活多活了一长段的时间。
更有典型意义，更能说明问题的是超能勇士中恐龙勇士的复活。在超能勇士的第35集英雄本色中，恐龙勇士以一敌六，壮烈牺牲，他的火种（其实是火种接口）熄灭了，他的身体最后也被彻底火化销毁了。若按照原先的认识，这是最典型的形神俱灭，半点复活的可能性都不存在，不象擎天柱的复活还可以说成是保留下来的旧躯体做凭借。但在超能勇士的最后，恐龙勇士却又凭借金属变体恐龙躯体重新复活，如何解释呢？金属变体恐龙是霸王龙用全新的原生体和从狂飙勇士（那个变形为金属大螃蟹拥有特殊火种接口的原生体x）火种接口上切割下来的一小部分，还有外星人那里获得的金属变体驱动器创造出来，它的躯体是全新制造的，它的火种接口也是来源于狂飙的一部分。按道理他和原先死掉的恐龙勇士没有任何关系，无论身体还是火种接口，充其量只是外型相似。但最后当狂飙和急先锋同归于尽的时候，原先的恐龙勇士的意识却进入了金属变体恐龙的躯体之内，如果明白我们看到的火种只是火种接口，就很容易理解了。
当狂飙勇士的火种接口主体被毁灭的时候，他在矩阵内真正的火种和矩阵其他部分的联系被恢复，而这时候位于金属变体恐龙体内的这小部分火种接口还和狂飙勇士的火种相连，这也意味着以狂飙勇士的火种为中转，金属变体恐龙体内的火种实际上成为了一个矩阵接口，而这实际上已经违反了矩阵规则。矩阵系统在这种情况下自动把与这个金属躯体匹配的恐龙勇士的火种与这个接口相连，同时断开恐龙勇士火种与矩阵其他部分的联系，就这样恐龙勇士复活了。但因为恐龙勇士的火种已经习惯了矩阵内的生活，因此在他复活后，又马上用自我牺牲来换取霸王龙行动的失败，毁灭了自己新的火种接口，重新和矩阵其他部分恢复了连接。
第四十三章 矩阵接口的辨析
对火种接口就解说就到这里告一段落，同理，我们在g1美版95集变形金刚里看到的那被称为矩阵（中文配音称之为能源宝或领导模块）的，可以被拿在手里，或者放置在变形金刚胸口的装置也并不是真正的矩阵，�