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旧石器时代团体由几个大家庭构成，人数约20～150人。大家庭对于儿童的养育是很重要的，因为许多父母在30岁前就死了，许多孤儿需要成人之中较长寿者的保护。虽然人口有所增加，但可能从未超过2万人。
作为机动的猎人/采集者，大多数团体可能只有暂时的季节性基地。然而，在这一时代末期有些人群定居下来。也有某种程度的专业化，导致交易的产生。早在2万年前，黑曜石（用来制作工具的火山玻璃）就被用于交易，范围达至少150公里。这几乎可以肯定是以水路运输，显示船很早就已被使用。
石器时代的人们通常被描述为洞穴居民。然而，至少在日本这个个案上，洞穴似乎很少作为重要的永久住所，但相当多的洞穴被使用作为暂时居所。对开放场址的偏好显示，人工居所被普遍使用，尽管它的性质并不清楚。
重要的旧石器时代遗址包括宫城县高森、栃木县星野、长崎县福井洞穴、东京都调布市附近的野川、群马县岩宿，以及冲绳县港川。从港川挖出的估计生活在约17000年前、高155公分的一具男性遗骸来判断，日本石器时代的人依现代标准似乎块头较小，类似东亚其他地区的石器时代的人。
日本考古学者直至第二世界次大战后，一直倾向于依据诸如《古事记》、《日本书纪》等神话与史实混杂的古史来解释考古发现，史前史知识的建立因此受到阻碍。史前史知识目前正在增加，但仍有许多等待被发现。目前甚至仍不清楚最早居民是智人还是较早期的直立人。
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第三节 石器时代的猎人与采集者（1）
绳文时代
（大约公元前13000年至公元前400年）
公元前13000年左右，日本出现陶器。它们是世界已知的最古老的陶器。
直到最近在长野县发现15000千年前的陶器前，最古老的陶器是公元前10000年的陶器，而前者构成这时代的开始日期。比这陶器古老两倍的陶制小雕像已在东欧被发现。关于绳文陶器是否是日本人自己的发明，或是从大陆某地引进的，学者对此意见分歧。
它们也标志着绳文时代的开始，绳文的命名是因为陶器上大都印有绳子条纹的缘故。
陶器可能暗示着定居的生活方式。在这一时期的定居的确有增加，尤其从大约公元前5000年以后。团体也扩大成为较大的部落社区。迄今为止发现的最大绳文村落是在青森县三内丸山，该村落从公元前3500年至公元前2000年持续繁荣了约1500年，涵盖约04平方公里，最鼎盛期居民可能高达500人。有学者甚至认为，日本可能是早期文明的一个摇篮。
定居也和农业有关。在森林中辟地、焚烧的原始农业，可能早在公元前5700年就在日本西部实施，但这还有待证明。最近在北海道呗美发现的似乎是史前农作社区的遗址，也有待证实。此遗址溯自公元前4000年左右，如经证实，这将是日本的真正农作的最古老的遗址。在本时期末，公元前1000年左右，稻米连同粟、大麦从大陆引进日本西南部，但未广泛种植。它们种植在旱田或沼泽地，而不是在水田。在这些作物引进之前，最重要的作物可能是紫苏与稗草。
然而，尽管有陶器与偶尔的农作迹象，绳文人的生活主要是狩猎与采集，特别是在海岸。定居地通常是半永久性质的，在一定的地区设基础营地，有大约12间住所。这些住所通常是坑屋，茅草屋顶延伸至地面。
内陆绳文人使用弓箭（和陶器大约同时期出现），大都狩猎野猪和鹿。他们有时也吃各式各样的动物，诸如蛙、獾、狼、西伯利亚狮，事实上似乎是日本丰富动物系的全部。狗是本时期惟一的驯养动物。
许多绳文人居住在海岸，特别擅长利用海洋资源，从藻壳类至海洋鱼类。绳文人非常能适应这种生活，特别是在这一时代后期，他们的骸骨显示出耳部保护结构的发展，强烈显示他们定期且常常潜水。绳文人偏好居住海岸的原因是，15000年前左右气候暖化（切断了陆桥），这也意味着海洋暖化与海洋资源的增加。如东京湾附近的横须贺市夏岛的大贝冢所证明的，几千年来藻壳类成为主要食物来源。
5000年前左右，气候开始再度变冷，海平面下降，人们因此多加利用内陆资源。尽管气候尚冷，许多绳文人在大约1000年内返回海岸。这显示出他们保持着对海岸采集与渔猎生活的偏爱。
稻作在约3000年前被引进，可能是从中国经由朝鲜传来的（朝鲜的稻作比日本略微早一些），但学者们对于有关传来路线彼此意见分歧。由于稻米和生活有极密切的关系，今日许多日本人认为远古时代日本人就已种植稻米，但事实上日本是亚洲民族之中最晚采用稻作的。
认为绳文时期是不变的单一整体是一种误导，因为依据地区与时期的不同，这一时期之中存在很大的区别。
绳文期时常被细分，以反映时间推移所带来的变化。然而，新的发现意味着时期细分变模糊，必须增加进一步分期，因而产生混淆。举例来说，绳文期以前被认为从公元前7000左右展开，学者造“绳文中期”的术语，意指大约公元前3500年至公元前2000年，但现在绳文中期的实际时期已产生重大变化。为了避免混淆，在此故意不提时期细分。
地区的不同清楚地反映出当地条件，产生诸如东北海岸以深海渔业作为中心的次文化。时期的不同不仅反映气候的变暖与变冷，也反映新技术的发展。举例来说，麻布从大约公元前5000年开始制造，漆器从大约公元前4000年前开始制造。
第三节 石器时代的猎人与采集者（2）
人口似乎也随着时间的推移而变化，其原因常常不清楚。虽然学者估计不同，但只是“最佳猜测”而已，本时代开始时人口大约是2万人，至公元前5000年左右人口增至约10万人，至公元前3000年左右，尽管气候变冷，人口仍然增加超过一倍，尔后在本时期末再度回跌至约10万人。此外，到这一阶段，人口再度因不明原因集中于北部与东北部。
随着时间推移的其他广泛变迁包括对超自然的逐渐关注。这种关注带来更加流行的巫术、新的埋葬仪礼、日本北部神秘的石圈以及似乎有超自然意义的小雕像。某些地方的蛇雕像暗示着蛇崇拜。
宗教仪式重要性的增加，带来了仪式专业知识的需要。这也将有助于社会阶层的分化。部落首长连同较有能力的猎人、生产者，明显地比大多数人享有较高的地位。然而，关于绳文社会大抵是阶层社会还是平等社会，学者们仍有争论。
在绳文时代这么长的时期里，很可能有各式各样的群体从不同地点移民进入日本，某种程度增加了种族多样化。陆桥的消失不意味着完全切断和大陆的关系。举例来说，有些人引进稻米。移民人数并不清楚，但可能不会很多，或至少体型不会很不一样，因为似乎有一种可认出的“绳文型”。
绳文人就整体来说被描述为身材矮小。专家们提供的身高数字彼此不同，引起混淆，但一般来说绳文男性在本时代后期似乎身高157公分左右，而女性148公分左右。他们的身高与公元前400年左右到来并开启新时代的弥生移民形成对比。弥生人大约比绳文人高3~4公分，和20世纪初弥生人的现代日本人后裔没什么差别。
在1900～2001年，20岁日本男性身高从公分大增至公分，20岁日本女性身高从公分增至公分。这些数据想必反映了饮食、卫生和一般生活条件的大幅改善。
除了身高相对矮小之外，绳文人体格健壮结实，他们有重骨骼、平腿骨及宽阔方脸。
事实上，绳文人很像今日北海道的爱奴人。这并不令人惊奇，因为体质人类学者的研究证实爱奴人无疑是绳文人的后裔。这使他们和其他主要岛屿的现代日本人不同，后者继承弥生人的成分较高。目前仍不清楚爱奴人何时抵达日本，也不清楚他们究竟来自何处，但他们无疑和日本居民一样古老。有趣的是，尽管爱奴人与北部有关系，爱奴人与其代表的绳文人种却可追溯至原先来自中国南部和东南亚的古代蒙古人种。
爱奴人实际上是日本原住民。许多世纪以来，弥生人后裔的现代日本人（在本背景下称为大和日本人）总是加以否认，把爱奴人边缘化，甚至予以忽视。直至1997年，官方才承认爱奴人作为日本原住民的真实地位。
我们在爱奴人身上看见绳文人是日本的起源，但绳文时代的日本距离形成一个民族仍很远。接下来的弥生时代将对日本国的形成有较多的贡献。
第四节 新的开端：弥生时代（1）
（大约公元前400年至公元250年）
公元前400年左右——根据一些学者的看法，或者可能甚至早至公元前1000年——外来移民强力入侵日本。
2003年年中，日本国立历史博物馆的一支考古队伍宣称，碳测定显示弥生陶器的历史比原来人们认为的年份还要早大约500年，根据这个观点，该时代的起始年份则应该在公元前1000年左右。这个观点并未被广泛接受。
移民一拨接一拨从大陆抵达，他们在外形与文化上和绳文人相当不同。他们皮肤较白皙，身材较高，脸庞较窄。他们的文化包括诸如青铜与铁等技术，也更加依赖稻作。
对于这批移民潮的性质、规模甚至动机、起源，学者们的意见极为分歧。
有关移民，学者们有不同意见。有人认为大陆移民人数少，而有人认为可能来了大量移民。学者们一度认为有可能毫无移民来到，而逐步进化能解释绳文与弥生的不同。然而，最近的遗传研究证实确有移民到来。有关移民在日本内部的确切移动路线，学者们意见稍有不同，但有关移民抵达日本的路线，即经由朝鲜的路线，学者们对于这一点的意见较一致。然而，起点是朝鲜还是中国，则并不清楚。
尽管意见分歧，但清楚的是，新来者抵达了日本且彻底改变了日本的面貌。
1884年，东京弥生町首次发现一种无装饰、带红色的新型陶器，并被认定不同于绳文陶器，学者们就以“弥生”命名这个新时代。这个名称未能表达这个时代的活力，因为当时，学者们还不了解该时代的活力。
弥生时代总是被强烈地和稻作联想在一起。起初，学者以为稻作是由新移民带来的，但现在我们已知道那是过度简单化的说法。更早的时候，稻作已被引进。然而，在弥生时代稻作才被大规模地推广，特别是水田的种植，而且是在南部与西部，这清楚地反映出新来者的文化偏好。这将成为后来的日本人直至现今日本人的文化基础。
如青铜与铁的传播一样，稻作的传播反映出移民可能的移动。至公元1世纪左右，稻作从西南部相当迅速地传播至本州中部，但进一步向北传播较缓慢。虽然稻作、青铜及铁从早期阶段就已存在于北部，但并未被大规模采用，而北部直至8世纪或甚至更晚仍停留在绳文阶段。易言之，北部与南部之间存在着相当的文化鸿沟——今日北海道爱奴人的存在仍象征着该鸿沟。
日本出产有限的金属矿，因此金属用具倾向于和高地位有关。然而，持有金属的“象征地位的物品”并不是当