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现代科学证明，自然界的气是有形体有成毁的。《内经》把世界的本原看成气，当然与事实不符。它把世界上的一切变化统统归结为形和气这两种物质形态的转化，也把千姿百态的自然界极端简单化了。但应当肯定的是，《内经》应用气的理论，坚持了世界的物质性和永恒运动的原则，说明了事物之间的普遍联系和相互转化。它所阐述的关于气形互化的学说，不正是物质不灭的规律吗？虽然这或许只是一种思想萌芽，一个天才猜测，但在那样遥远的时代，就建构起这样一种宇宙论，不能不说是一个伟大的成就！《内经》正是在唯物主义的立场上，建立起了祖国医学的基础理论。
阴阳——朴素的辩证法《内经》认为元气归根到底分为阴气和阳气两大类。
阴阳学说是《内经》医学和哲学的理论基础。它指出，懂得了阴阳之理就可以解除迷惑，明察一切。所以阴阳在《内经》的理论体系中占有极重要的地位，是理解《内经》的一把钥匙。
《内经》中的阴阳并不代表某一种具体的固定事物。《灵枢。阴阳系日月》篇说：“夫阴阳者，有名而无形。”表明阴阳不是指有形物体，而是一对抽象的说明事物性态的范畴。《内经》认为，宇宙间无论有形的物体或是无形的太虚、无论遥远的天体或是大地上的物类，它们的运动变化都是在两种对立势力的相互作用下发生的。天与地，寒与热，昼与夜，阴与晴，明与暗，日与月，动与静，水与火，表与里，上与下，生与死，等等，都是一些日常生活中常见的矛盾现象。
整个世界就是由这样一些矛盾着的事物构成的。相互对立的事物尽管千差万别，但它们有着共同的特点，就是对立的双方在性态上总表现为两类特定的相反趋向：一类趋向明亮、活跃、向前、向上、温热、充实、外露、伸张、扩散、开放等；另一类趋向是暗晦、沉静、向后、向下、寒凉、虚空、内藏、屈缩、凝聚、闭合等。前一类性态称为阳，反一类性态称为阴。可见阴阳的意义，一是代表两种对立的特定属性，二是表示两种对立的特定形态或运动趋向。《内经》认为可以用水和火的特性来分别代表阴和阳。火炎热、升腾、活跃，集中代表了阳性特征。
水寒冷、沉静、润下，恰好表现出阴质的本性。可见《内经》所讲的阴阳不是主观虚构，也决无神秘色彩，它是对客观世界存在的许多矛盾现象的直观概括。
《内经》认为阴阳矛盾是普遍存在的，自然界中的一切事物都包含着阴和阳两个方面。例如天为阳，地为阴；火为阳，水为阴；气为阳，血为阴；动为阳，静为阴等等。在人体结构方面，人体的上部属阳，下部属阴；体表属阳，体内属阴；体内的脏腑中，六腑属阳，五脏属阴；五脏之中，心肺属阳，肝脾属阴。每一个脏腑又有阴阳之分，如心阳心阴，肾阳肾阴等等。阴阳矛盾不仅无处不存，无时不在，贯串一切事物的始终，而且是决定事物发生、发展和灭亡的根源。事物的性状处处可以用阴阳来认识分析，如诊断病情时，要察色按脉，先别阴阳。脉诊中，以浮、数、大、滑、实为阳，沉、迟、细、涩、虚为阴；望诊中，以色泽鲜明者属阳，晦暗者属阴等。
没有阴就无所谓阳，没有阳也无所谓阴，阴与阳总是相依而生、相辅而成。
《素问。逆调》篇中有一个病例分析，很好地表达了上述思想：黄帝说：“有人四肢发热，一遇风寒就感觉火烧火燎一般，这是为什么？”
歧伯说：“这是因为此人阴气虚衰，阳气亢盛所致。四肢属阳，人体阳气多行于四肢，再遇风邪，风邪也属阳，阳上加阳，使得阴气更加不足，造成少水（阴）不能灭盛火（阳）的局面，所以四肢感到如炙似火。”因此，阴和阳不能独行其事，必靠对方的存在而发挥自身的作用，后世医家对这一思想十分重视，概括为“独阳不生，独阴不成”两句话。
阴和阳之间还存在着相互渗透、相互包藏的关系。如果就一个昼夜的变化来说，鸡鸣至日出虽然属阴，但阳的成分在阴的内部逐渐发展，日中至黄昏虽然属阳，但阴的成份在阳的内部有所增长。四时的交替也是阴阳作用的结果。盛夏属阳，但潜伏的阴气已在滋长；严冬属阴，但潜伏的阳气逐渐抬头。这就是所谓的阳中有阴、阴中有阳。
《内经》认为，事物的存在和发展以阴阳的相互合作、相互联结和相对平衡为必要条件，没有阴和阳的统一和平衡，也就没有事物的存在和发展。
例如人体的物质基础与生命机能的统一，构成了人的生命活动，其中物质为阴，机能为阳，生命活动的物质基础居于体内，生命的活动机能表现于体外。
在内的阴是产生机能的物质源泉，在外的阳则是机能物质的功能表现。生命活动的进行需要消耗一定的生命物质，藏精之阴的作用正在于它会源源不断地为机能活动的发挥提供能源。表现在外的机能活动对机体的存在既起着护卫的作用，又向外界摄取食物，经过消化吸收、转化为机体的生命物质。人体的阴阳两个方面处于相对平衡之中，人就表现出良好的健康状况。疾病的发生是因为阴阳失去了相对的平衡，出现了偏盛或偏衰，因而一切复杂的病理变化，都可以用“阴阳失调”来概括。治疗一切疾病的总的原则，就是设法恢复和保持人体内部以及人体与周围环境的阴阳平衡。
依据《内经》的理论，阴阳的矛盾关系常常表现为阳长阴消和阳消阴长这两种不同的变化情况。例如人体各器官的功能的发挥，必定消耗一定的机体物质，这是阳长阴消的过程；而机体物质在得到补充和增长时，又会消耗一定的机能，这是阴长阳消的过程。阴阳两个方面通过此消彼长、此进彼退的矛盾运动，还可能相互转化，即重阴必阳，重阳必阴。譬如寒症未能及时治疗，严重到一定程度，可能转化为热症。反之，热症也可能转化为寒症。
阴阳的转化是否随时随地都会发生呢？不是的，因为“寒甚则热，热甚则寒”，“阳极反阴”，阴阳双方的矛盾只有发展到一定阶段，具备了一定内外部条件时，才会转化为自己的反面。《内经》的这些论述说明，它对于矛盾双方的转化必待矛盾本身发展成熟这一规律，已经有了初步的认识。
阴阳的关系除了互相依存和转化之外，还有相互排斥和斗争的方面。如《素问。疟论》篇中解释疟疾的病因病理时指出，疟疾症状之所以表现为一会儿寒颤战栗，腰背俱痛，一会儿内外皆热，渴欲冷饮，是因为阴阳上下交争，虚实更作，各有胜负。阳胜则发热，阴胜则振寒。由此《内经》提出利用阴阳的相互克制治疗疾病的方法。在一定条件下，若病人阴盛，可通过补阳来压抑过盛的阴。若是阳亢，又可通过滋阴以制约过旺的阳。在用药方面认为，寒凉滋润的药物属阴，温热燥烈的药物属阳；药味酸、苦、咸的属阴，辛、甘、淡的属阳，运用药物的这些阴阳性能，来改善和恢复人体阴阳失调的现象，从而达到祛除疾病的目的。
《内经》将具有朴素唯物主义思想的阴阳五行学说，具体运用于医学，说明了人体结构、生理现象、病理变化的对立统一关系，总结了诊断治疗的一般规律，包含着深刻的对立统一思想。这些思想虽然与唯物辩证法所讲的对立统一规律有着根本区别，也缺乏概念的明晰性和逻辑的严密性，但由于《内经》阐述的阴阳范畴具有自己特殊内容，这些内容概括揭示了客观世界实际存在的许多矛盾现象所共有的特点和辩证关系，具有矛盾范畴所不能替代的独立意义，这就是阴阳范畴之所以能够成立、并被人们至今广泛应用的原因。
五行——原始的系统论我国古代的五行学说认为，宇宙间的万物都是由木、火、土、金、水五种物质所构成，这五种物质具有相生（木生火，水生土，土生金，金生水，水生木）、相克（木克土，土克水，水克火，火克金，金克木）的相互关系，又处于不断运动变化之中。五行学说作为一种认识和概括事物相互关系的思想和方法，基本上不是木、火、土、金、水本身，而是作为五种不同属性（如木的属性为生发、柔和，火的属性为阳热、上炎等）的抽象概念。它不只是一种朴素的唯物论，就其本质而言，是古代的一种朴素的系统理论，它要揭示和证明的是，宇宙万物都有一定的结构，而且具有统一的结构模式，就是说，五行是研究事物内部以及事物之间的结构关系的。《内经》从唯物主义的立场发展了五行学说，并将其成功地应用于医学和气象学中去。在《内经》的理论体系中，阴阳五行学说是相互联系、相互补充的两部分构成的完整的思想体系，五行的重要性仅次于阴阳。
《内经》认为宇宙万物不是杂乱无章的堆积，而是一个步调相应、秩序井然的庞大系统。这个大系统的形成，是由于任何事物无一例外地要受阴阳四时的影响和规范。《内经》认为，一年四时应分为春、夏、长夏、秋、冬五个阶段。世界万物在四时的影响下进行有节律的、周而复始的运动。每一个运动周期明显地分为五个阶段。一切整体事物的内部，必定在结构上分为五个方面，以与运动周期的五个阶段相适应。如就事物的生化过程来看，可分为生、长、化、收、藏，或生、长、壮、老、已五个阶段，而生与春、长与夏、化（壮）与长夏、收（老）与秋、藏（已）与冬分别相应。又如颜色，作为整体可以分为青、赤、黄、白、黑五种。在运动过程中它与四时相应，构成周期循环，即：春季大地呈青色；夏季烈日炎炎呈赤色；长夏万物从化，需要土地的长养，而土为黄色；秋季天高气爽，万木凋落，四野空旷明亮，故显白色；冬季阳光衰弱，夜长昼短，给人以黑色之感。至于人体的变化与四时的更迭，关系就更为密切。《内经》认为春季多肝病，夏季多心病，长夏多脾病，秋季多肺病，冬季多肾病，肝、心、脾、肺、肾作为人体结构的五个重要方面，分别与五季相对应，等等。
《内经》以五行的属性来概括人体各部分的联系和人与自然的关系，依据《素问。阴阳应象大论》和《素问。金匮真言论》两篇对五行归类的论述，可择要综合列表如下：自然界人体五味五色五气五方五时五行五脏六腑五官五荣五体五志酸青风东春木肝胆目爪筋怒苦赤暑南夏火心小肠舌面血脉喜甘黄湿中长夏土脾胃口唇肌肉思辛白燥西秋金肺大肠鼻毛皮毛忧咸黑寒北冬水肾三焦膀胱耳发骨骨髓恐从上表所列可�