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在《史记》写作过程中，司马迁给他的朋友任安写了一封信，即著名的《报任少卿书》。信中以激愤的心情叙述了自己因李陵事件蒙受宫刑的冤屈，同时说明自己写《史记》是为了“究天人之际，通古今之变，成一家之言。”
这三句话的意思是说，《史记》的写作目的是研究“天”和“人”之间的关系，把从古到今历史上的发展变化大势搞清楚，形成司马迁自己的学说。如果说“史家之绝唱，无韵之离骚”是鲁迅对《史记》在史学、文学上的巨大成就的精当褒赞，那么司马迁自己所说的这15个字则是他本人对《史记》内容的概括评价。
首创纪传体成一家之言的集中体现，便是《史记》在我国史学史上，首先创立了纪传体的编纂体裁。所谓纪传体即主要通过记述历史人物的活动以反映历史的发展变化。
《史记》全书由五部分组成，“本纪”12篇，“表”10篇，“书”8 篇，“世家”30篇，“列传”70篇，共130 篇（又称卷），526500余字。
“本纪”以历代帝王为中心，概括叙述了从传说时代的黄帝到汉武帝期间，约三千余年的历史大事，是全书的大纲。
“表”分世表、年表和月表三种，以时间为中心，综合记录当时发生的各种主要事件。各表前面有一段序文，简略叙述该时期的历史大势，或对时代特点进行精彩的评论，是《史记》的精华之一。如《十二诸侯年表序》将西周末年至春秋时代的周王室衰落、诸侯恣行、五霸迭兴等政治形势和历史特点勾画了出来，《六国年表序》论战国时期的历史大势，《秦楚之际月表序》论秦末和楚汉相争时期的历史变化等。“表”把各个时代的主要线索、历史轮廓搞得清清楚楚，可以当作一个时期的简史来阅读，而它的序则更是画龙点睛。
“书”，以事类为纲，记录典章制度和重要史事。如《封禅书》记载历代祭祀天地、尊神奉鬼、觅仙丹、求长生等宗教迷信活动。《河渠书》是关于水利活动的。《天官书》是关于天象的。《平准书》记载汉代的财政经济，主要反映了两个问题，一是反映了封建经济的超经济掠夺，二写封建统治者对人民无穷无尽的奴役。前者是不顾法律掠夺农民的土地财产；后者任意攫取人民的劳动力，为统治集团服务。二者都抓住了封建经济的本质，写得很
深刻。后来的《汉书。食货志》就大不如这篇《平准书》了。八篇“书”是《史记》中有特殊价值的一部分，也是错乱比较严重的一部分，除《封禅书》外，其他都不完整了。
“世家”记载了诸侯列国和一部分重要历史人物的事迹。30篇中，《吴太伯世家》以下16篇是一类，写的是春秋战国的贵族诸侯。《楚元王世家》以下三篇及《梁孝王世家》以下三篇写的是汉代宗室贵族。《萧相国世家》下面五篇又是一类，写的是汉代大臣、开国元勋。另有《孔子世家》、《外戚世家》等各属一类。其中《陈涉世家》记载陈涉的成功与失败，对陈涉起兵的时代背景写得很深刻，对陈涉失败的原因也写得很生动。
“列传”记载了汉武帝以前的重要历史人物、少数民族、邻近国家和各种专业（如儒林、巫祝等方面）的有关事迹。首篇《伯夷列传》并不是专为伯夷而写的。它是列传的帽子，带有总序性质。以下69篇大部分按时代顺序排列，但也不完全如此。从第二篇《管晏列传》以下六篇是讲春秋时候的人，也有战国时候的，如韩非、申不害。《商君列传》以下21篇是写战国时候的人。秦统一以后的，因时间很短，和战国分不开。这11篇里也有写汉代人的，如贾生（谊）。《张耳陈余列传》以下42篇，除部分杂传外，基本上写的是汉代人物。
《史记》列传的编纂有一定规则，如《循吏》、《酷吏》、《游侠》、《刺客》、《滑稽》、《佞幸》等列传，是以性质相同而概括定名的。另如《儒林》、《货殖》、《日者》、《龟策》等以专业或性质相同标名等，都称为类传。合并立传的，如《廉颇蔺相如列传》是事迹相关者，《孟子荀卿列传》是行为相类者。
列传次序大致按时间先后排列，但关系相近者也列在一起。如李广、卫青、霍去病都与匈奴战争关系密切，《匈奴列传》便列在李和卫、霍二传之间；司马相如曾出使西南各族，其传便列在《西南夷列传》之后。列传的最后一篇为《太史公自序》，是司马迁的自传，也是全书的序言。
“列传”中还记载了汉朝国内各族、与汉朝有关系的一些邻国的历史，如《南越》、《东越》、《西南夷》、《匈奴》、《朝鲜》、《大宛》等传，都以简明扼要的笔法记述了各族各国的源流和概况，为研究各族各国的古代历史提供了最重要的资料。
“世家”和“列传”共一百篇，是《史记》的主要组成部分，都是取以人物为纲的形式，详记重要事件的发展过程，在“本纪”和“表”中概括提到的事情，在这两部分有较详细的叙述，和“书”的记载也互相联系照应。
《史记》每篇（卷）之末，一般还附有以“太史公曰”为首句的一段小文字，略记作者对篇内某人某事的看法或附记有关之事。后来修撰的史书也都承用这一形式。《汉书》改为“赞曰”，其他史书或用“论曰”，或用“评曰”，或用“史臣曰”，因此这一部分通称为“赞语”或“论赞”，不但是纪传体史书特有的一种形式，就连司马光编纂的编年体史籍《资治通鉴》也沿用这一做法，以“臣光曰”夹议论于叙事中。
总起来看，《史记》的五个组成部分，分别具有三种不同的性质，即以时间为纲的本纪和表，以事类为纲的书和以人物为纲的世家与列传，综合成为一书，这是《史记》的一个特点，也是纪传体的一个特点。在整个中国封建社会里，纪传体始终是史书编纂体裁的主流，直到辛亥革命后写《清史稿》仍在沿用。历代正史除在个别形式上稍有变化外，基本没有超出《史记》开创的轨范。《史记》遂由此居于二十四部（加上《清史稿》为二十五部）纪传体正史之首。
《史记》的五个部分，体大思精、包罗宏富、举重若轻、条贯有伦地展现了纵横数千里、上下三千年的历史风云。
究天人之际天和人有没有必然的联系？皇权是不是神授？吉凶祸福是不是天意？在司马迁时代，这些问题既是学术理论问题，也是政治问题。得到汉武帝支持的以董仲舒为代表的阴阳五行学说，就是把天和人结合起来，标榜天人感应，用天象论断人事的吉凶，属于典型的迷信。《史记》则继承先秦唯物主义思想的传统，对天和人的关系进行了唯物主义的考究和解释。
《史记》最后一卷的《太史公自序》中说：阴阳家对于阴阳四时、八个方位、十二度、二十四节气，各有一套教令，规定了人们哪些事可以做，哪些是要禁忌的。如果人们遵守这些教令，就会昌达得福；违反这些规定，则遭灾或死亡。实际上未必一定是这样的。这样好像一举一动都有阴阳管着，什么事情都叫人害怕，容易使人拘束而不敢大胆地去做事。同时，《史记》又认为自然界有其自身的客观规律，人应该按照这些规律办事。春天万物生发，夏天成长，秋天收获，冬天储藏，这是自然界的主要法则。如果我们不遵守，便没有头绪了。所以，四时的顺序是不可以错乱的。《史记》还运用当时的天文科学成果，精确地记载了几百个星体、星座，并指出了它们出现的时间和运行规律，说明天象运行也不是神秘莫测的，而是可以由人类观测到的自然现象。
《太史公自序》里还批评了阴阳五行学说的“星气之书”。所谓星就是占星术，气就是望气。阴阳五行家认为天上的星象决定着人间的祸福，还可以对气象的观察推断人的吉凶。例如吕后就曾经说，刘邦外出，无论赶到哪里，她都能找到，因为刘邦头上有五色祥云。司马迁借评论“星气之书”指出这是胡说，是不经之谈。
可见，《史记》对天人关系持有明确的态度：天是天，人是人；天属于自然现象，和人事没有什么必然联系；人们必须按照自然规律去办事，但不存在什么预兆吉凶和断测祸福的问题。这种观点同当时盛行的天人感应学说是针锋相对的。
作为纪传体史书，《史记》更多的是通过对人事的分析，说明天道不可信的道理。《伯夷列传》写道：有人说，天道是没有偏爱的，总是常常帮助好人。伯夷、叔齐可以称得上是好人了。他们聚积仁德、修养品行，竟然落得个饿死的下场。72位贤人里，孔子特别赞赏颜渊好学。可是颜渊常常闹穷，连最粗糙的食物都吃不饱，终于早死了。上天对好人的报应，怎么是这样的呢？盗跖常常杀害无辜，烤人肉来吃，放纵暴厉，聚集朋党几千人，横行天下，反而能够长寿而终，这又是依循何种德行？这些都是比较明显的例子了。
到了近代，做奸犯科，专干坏事的，却过得很舒服，终身安逸享乐，子孙后代也富贵不绝。有的人小心谨慎，不敢多说一句话，不敢错走一步路，但他们却多灾多难。我实在觉着很迷惑，倘若这就叫做天道的话，那么天道到底是对的呢，还是错的呢？
在《项羽本纪》的最后，司马迁评论说：秦虐民失政，陈涉首先发难，随后诸侯豪杰，纷纷起事。一时间山东五国各树势力，并立争雄。项羽虽然没有尺寸之地，三年之间却能成为五国诸侯的统帅而灭秦！当时威服天下，分土封王，一切政事，全由项羽一人号令，自称霸王。但是等到项羽背弃先入关者为王之约，已失人心；又怀念楚国老家，失去地利；后来又杀死义帝而自立，更为众意所不许。这样的作为却要求别人不背叛他，那实在是太难了。项羽自以为了不起，不吸取过去的经验教训，想靠武力征服天下，结果弄得称王五年就身败名裂。他犯了这么多失误，到死还不觉悟，不仅不责备自己，反而说什么“是天要亡我，不是我用兵之罪”，这岂不是非常荒谬的吗？
《蒙恬列传》记载：秦朝名将蒙恬被秦二世胡亥赐死时，喟然叹息：“我对上天犯了什么罪过？竟然无罪而死呀！”沉默许久，蒙恬慢声说：“我的罪过，本来就该判死刑的。我西起临洮，东到辽东，筑城墙，挖河沟，一万余里，断绝了地脉，这便是我的罪过了。”于是吞下毒药自杀而死。司马迁评论说：蒙恬身居要职，一味顺承皇帝的旨意，不管百姓死活，大兴武功，他的死属于罪有应得，怎么把他的死归罪到“断绝地脉”上来呢？
有时，司马迁也用“天”字，也讲“天命”、“受命”。譬如《秦楚之际月表》中，他说刘邦能称帝“难道不是天意吗！如果不是大圣人的话，怎能在这种情况下受天命而成帝王呢？”从字面看来，这是在称颂天，认为汉得天下是天命的结果。但分析一下可以看出，这些天意、天命实际指的是当时的历史条件。司马迁首先交待了秦代禁令繁多，严重地束缚了人民的手脚，为农民起义提供了历史条件。然后写了秦亡汉兴的历史过程；第一个阶段是陈涉