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发生这一种情况也有其积极的一面。由于不再需要合成某些物质，节约下来的能量就可以用于其他新陈代谢的活动，这样，就有可能出现比较复杂的生命体。粗看起来像是一种“代谢性疾病”——失去了制造维生素的能力——但最后结果却是发生了具有积极意义的进化。
于是，进化可以看作为一种分子学过程。鲍林安排来自法国的博士后研究者埃米·祖凯康德尔对这一问题展开实际的研究。受试分子取自鲍林原先喜欢采用的血红蛋白。祖凯康德尔前往圣地亚哥，先是从大猩猩、黑猩猩和猕猴身上，后来又从马、牛、猫、猪和鱼身上，采集血标本。之所以这样做，其思路倒不在于识别物种是怎样进化的，而在于比较不同动物血红蛋白分子的大小和结构，从而找出其进化的规律。
1962年，鲍林和祖凯康德尔发表了他们从这一研究中得到的最为引人注目的发现，就是血红蛋白可以用作为一种生物钟。举例来说，通过对马的血红蛋白所作的详细研究，表明它与人体血红蛋白的差别是在其四根链的每一链上，大约有18个氨基酸替代物。将这一结果与古生物学家的知识相比较，就可以知道人类和马纲动物大概是何时开始分野的，从中还可以算出，平均每隔14。5百万年就会发生一次进化上有效的差异。以此为标准，比较其他动物血红蛋白的数据，鲍林和祖凯康德尔估计，人和大猩猩——两者的血红蛋白很相似——是在11百万年以前分手的，这要比大多数学者原先设想的分手时间晚了几百万年。当然，鲍林也承认，重大的变异不一定是以稳定的速度发生的，很可能有成批变异现象发生的情况，但他得出结论认为，“通过具体测定血红蛋白分子和其他分子中氨基酸排列的顺序，有可能获得有关进化过程的更多信息，从而有助于揭示物种的起源。”
鲍林和祖凯康德尔关于分子进化的基本思想，还有他们利用生物分子来研究历史进程的做法——这些内容现已变成自成一体的研究分支，不过，现在选用分子的时候，已用DNA代替了血红蛋白——具有开创性意义。正如鲍林从前的学生、核酸专家里奇所说，“他一下子将古生物学、进化生物学和分子生物学等领域统一起来了。”
在一段较短的时间内，鲍林还曾被推到优生学争议的前沿。由于他和祖凯康德尔提出了分子进化的概念，而鲍林研究如镰状细胞贫血症那样的遗传性疾病已有很长的历史，鲍林自然就想到如何从全世界人口中消除有害基因的问题。从1959年到1962年，他在许多讲话和好几篇论文中，一再强调应当杜绝先天性异常的因素从一代传给下一代的现象。此时，他和祖凯康德尔虽然反对直接优生的做法，不主张利用精子库生育父代不明的孩子，但是他们赞成采用另一种手段。
“人类的素质在下降，”有一次他对听众说。“我们需要在这方面干一点名堂。”这里所谓的“名堂”，是指对不良基因的载体进行识别和控制的工作。“在我们看来，从人类的遗传过程中消除那些明显会导致病态或带来巨大痛苦的基因，人们在法律上是不会反对这一设想的，”他和祖凯康德尔写道。比方说，两位同是镰状细胞的携带者就不宜结为夫妇；如果只有一方是携带者，那也应当少生育。这也适用于苯丙酮尿症患者和分子型病患者。他们写道，“在婚姻问题上莽撞和冒险，再加上盲目和无知”，容易导致人类基因库的污染，因此是不能容许的。鲍林说，要是靠自觉解决不了问题，也许就须制订和实施相应的法规了。
优生学受到青睐，这就提醒了我们，要是真的让科学家来管理我们这个社会，将会是怎样的情况。不过，对鲍林来说，这还是问题的一个非常次要的方面，他更大的兴趣是要用分子来探寻进化的踪迹。
在鲍林看来，“分子钟”这一概念只不过是对他讲了四十年的一个论点的证明：凡事都是从分子结构演变而来的。化学，医学，进化，还有大脑的功能，都是与分子结构有关的问题。“当人被痛苦地逐出天堂时，人的心目中就有了善和恶的分野，这也是一种分子型疾病，其实也就是所谓的进化，”他说。为了解释生命的起源，根本就没有理由求助于迷信，求助于什么“生命力”，或者求助于宗教的信条。“生命”，他在1962年写道，“就是分子之间的联系。”
对办公场地的争斗
鲍林在分子层次上探索的那些问题，斯威夫特一点兴趣也没有。作为加州理工学院化学和化学工程系主任，斯威夫特关心的是，鲍林很少在系里上课，行政事务又不管，实验室里也看不到他的身影。他永远在世界上另一个地方，在核试验问题上惹是生非，向总统拍发一些火药味实足的电报。斯威夫特经常巡视各大楼，探头看一下鲍林的几间研究室，看到的景象使他直皱眉：一些医生走来走去，手里拿着一管管尿样和大猩猩的血，生化研究人员则忙着向金鱼身上注射麻醉药，
在斯威夫特的指导下，化学系正在发生着变化，鲍林手下的人就有点不适应，“他们中有些人，”斯威夫特明确地说，“不用说水平不高，而且他们研究的课题就不大合我们的胃口。”科里是一位优秀的学者，舒梅克和其他几位鲍林早些时候的助手也不错。“但是，另外还有一些人，”斯威夫特说，“特别是那些偏向于进行医学和生化研究的人，就很成问题了。”
斯威夫特新近雇用了许多正统的化学家，然而办公室不够。最有可能扩大办公场地的目标就是鲍林的教学实验室——再说，其中有几个地方似乎有一半空关着未利用——系里多数人认为，其中有些房间可以提供给那些成果较多的研究人员。但是，斯威夫特不想去顶撞鲍林。至于怎样才有利于化学系的工作，他有自己的看法，但是，他毕竟在鲍林手下干了那么长时间，亲眼看到过他取得了那么多成果，因此实在不忍心在自己的事业快要结束的时候，再去剥夺鲍林使用实验设施的权利。“（斯威夫特）在这件事情上情绪很低落，不愿再刺激鲍林，”杜布里奇回忆道。1963年初，斯威夫特退休了，这个问题也就留给了下一任系主任。
杰克·罗伯茨是一位很有才干的有机化学家，他接任了系主任之职。相对来说，他比较年轻。无论在哪种意义上，他对鲍林的政治活动都不大关心，他向来就喜欢独立思考。新官上任，总得放几把火，向校长和董事会证明一下自己的能力。既然斯威夫特和杜布里奇都认为需要更多办公的场地，他就有责任解决这一个问题。作为系主任，罗伯茨上任后首先做的事情中，有一件就是要找到鲍林，向他解释系里的需要。他记得，当时鲍林尽管对这次谈话感到不高兴，但他还是很有礼貌地同意缩减自己办公的场所。
鲍林对此事的回忆则更为详细。他说，罗伯茨对他讲，“这些搞医学的人在这里不合适，”要他在两个月的时间里，让那些精神病研究的项目下马，并坚持要他让出实验室面积的一半。鲍林不愿在这么短的时间里解雇那些研究者，作为缓兵之计，提议让出自己办公的场地，分阶段淘汰从事麻醉剂项目的研究人员。这一争议被提到化学系系务委员会会议上讨论，最后达成了一项折衷的办法，鲍林放弃了较小数量的办公用房。
这是一件令人烦恼的事，它表明鲍林与自己所在的系科的关系已经恶化到了怎样的地步。“鲍林谈及此事时气得几乎说不出话来，”杜布里奇回忆说。“他认为，这是莫大的侮辱——竟然要他让出科学研究的场地。”
此时，加州理工学院进入了一个新时代，相继冒出了一批新星，都是物理学家，如费因曼①、默里·盖尔—曼等。相形之下，化学系则在走下坡路。鲍林时代的红人已一个个离去；其中最大的损失是，他的老朋友、也是他的宏伟计划的共同制订者比德尔在1961年到芝加哥大学当校长去了——比德尔后来说，他作出这个决定是比较容易的，因为加州理工学院对待鲍林大不公正了。由于德尔布吕克仍在职，生物系仍然与鲍林的研究工作比较接近，也比较看重，但学校其他部门的人似乎都已忘记鲍林曾经为学校做过的工作。尽管如此，鲍林对学校内部实行的方针和作出的决定仍闭口不语。他让出了亲自负责建造起来的实验室里自己所管辖的那部分场地，但在公开的场合，却从来没有说过一句不利于学校的话。
①费因曼（Richard Feynman，1918—1988），美国物理学家，因修正旧量子电动力学不准确的内容，与人共获1965年诺贝尔物理学奖。
私下里，他已经认定，是应当离开加州理工学院的时候了。这倒并不是一个全新的打算；可以追溯到五年以前杜布里奇撤去他化学系主任之职的时候。从那时开始，他就一直在谋划着此事。1960年，他曾考虑过仿照普林斯顿高等研究院创办一所私立的西海岸学院，甚至到蒙特里附近一个地方察看过校址，但在了解到所需费用之后，就放弃了这个念头。第二年初，他曾探索过有没有可能到斯坦福大学设在太平洋格罗夫的霍布金斯海岸站工作。后来，1961年秋天，他又认真考虑过到洛杉矶加州大学医学院担任药物系讲师的事。由于他整个身心都投入了和平运动，这一切就都搁置在一边了。
但在侵占他的实验室事件发生后，他开始认真起来了。他给当时已经担任斯洛恩基金会会长之职的韦弗写信，询问有无可能提供资助支付他五年工资，好让他重新作安排。（对方回答不可能。）他又与复印机发明人切斯特商量，希望他提供私人援助。此人曾经资助他召开奥斯陆会议。鲍林希望做一些准备工作，以便在1963年夏天离开加州理工学院，独立自主地从事科学研究。
想到要离开这一个自己度过了全部学术生涯的地方，考虑着向四十多年来与自己朝夕相处的同事和朋友诀别，他难过的心清也就不言而喻了。但是，他认识到，这已成了他不得不走出的一步。
此时，从禁试战线传来了令人喜出望外的好消息。美国和苏联都从古巴导弹危机事件中清醒过来，开始进行认真的对话。1963年6月10日，肯尼迪宣布，美国将停止大气层试验，作为支持正在进行的日内瓦会谈的一种表示。几个星期以后，赫鲁晓夫发出了回答的信号，宣